Al vessant sud del massís de l'Albera ens trobem dues zones ben diferenciades: l'occidental, amb vegetació de caràcter centre-europeu amb fagedes i rouredes humits i l'oriental, més mediterrània, amb vegetació de sureres i matorrals on subsisteixen les últimes poblacions de tortuga mediterrània.
Entre la terra i el mar, el Cap de Creus és un espai de gran bellesa, dotat d'una configuració geològica singular, amb estructures i afloraments que formen un conjunt únic en el món. L'efecte de la Tramuntana ha fet que apareguin formes d'erosió capritxoses i ha transformat el paisatge d'una manera molt especial.
És el millor exponent de paisatge volcànic de la península ibèrica. Té una quarentena de cons volcànics i més de 20 colades de laves basàltiques.
L'orografia. el sòl i el clima proporcionen una variada vegetació, a vegades exuberant, amb alzinars, rouredes i fagedes d'excepcional valor paisatgístic.
Els Aiguamolls de l'Empordà es van generar pels cursos fluvials dels rius Fluvià i Muga (Alt Empordà) i dels rius Ter i Daró (Baix Empordà). En concret, els Aiguamolls de l'Alt Empordà s'extenen per tota la badia de Roses i formaven numeroses llacunes i zones humides, amb llacs i àrees humides. Quedaven tancades del mar per un cinturó de sorra. Els rius, amb el pas del temps, depositaven els sediments i van formar la llacuna actual.